以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，贯彻党的十六大和十六届三中、四中、五中全会精神，牢固树立科学发展观。全面落实全国科技大会精神，努力做好中长期科技规划纲要启动年和国民经济“十一五”规划开局之年衔接的各项相关工作，发挥工程院院士的集体智慧，为建设创新型国家贡献力量。
根据院主席团会议审议通过的《中国工程院2004—2006年度工作纲要》，提出2006年工作要点。具体如下：
筹备和开好两院院士大会。2006年将召开两院院士大会，我院是主办单位，要做好重要活动的联络、协调和组织工作。大会邀请党和国家领导人出席会议并做重要讲话，我院负责提供讲话代拟稿。大会还将邀请国际工程与技术科学院理事会（CAETS）主席和外籍院士，特别是新当选为我院外籍院士的美国、英国等国家工程院院长等有重要影响力的学者和国内院士作学术报告，进一步推动工程科技的国际交流与合作。在院士大会上颁发光华工程科技奖。
筹备和做好换届工作。院士大会前，要按照中组部确定的换届工作原则、基本条件、工作步骤等做好相应工作，协助中组部做好院领导候选人的推荐和考察工作。在院士大会上，认真按照《中国工程院章程》的规定，做好换届选举工作。同时，要做好主席团、各学部常委、各专业委员会的换届工作。
加强决策咨询研究。决策咨询研究应努力落实科学发展观，体现宏观性、战略性、综合性和前瞻性的特点，重点完成《我国城市化进程中的可持续发展战略研究》、《中国可持续发展矿产资源战略研究》和《东北地区有关水土资源配置、生态与环境保护和可持续发展的若干战略问题研究》等项目的结题、出版和宣传工作。推进并完成《建设节约型社会战略研究》、《预防煤矿灾害的战略对策研究》、《装备制造业自主创新战略研究》等项目的研究工作。继续深入开展《中国不同区域农业资源合理配置、环境综合治理和农业协调发展战略研究》、《下一代网》等5个重大专项的咨询研究工作。启动《可再生能源研究》、《高性能纤维》等项目。筹备并适时开展中国工程科技史研究，并对“工程”涵义进行研究。做好有关部委和企业委托的咨询。积极与国家发改委等有关部委共同开展技术创新院士行活动。按照“量力而行、突出重点”的原则，继续加强与地方、部门和空军的合作。加强对《院士建议》的跟踪和主动调研，加强报送的针对性和可操作性。试办建立向党中央、国务院报送《中国工程院重大情况与建议》的制度。
加强院士队伍建设。作为享有中国工程科技界最高荣誉性称号的院士，要带头坚持和弘扬“八荣八耻”的社会主义荣辱观，并率先垂范。有针对性地贯彻落实工程院《院士科学道德行为准则》和《院士科学道德行为准则若干自律规定》。开展院士队伍状况调查研究，在京内外召开若干次院士座谈会，就院士增选、院士作用及社会影响等提出意见和建议。院士大会期间安排院士队伍建设问题的专题研讨，提高院士自律的自觉性，强化院士队伍建设。大力宣传院士典型事迹，倡导无私奉献的高尚品德和创新精神。弘扬科学精神，传播科学知识，坚决抵制一切违反科学道德的行为。
开展学术交流活动。根据工程科技发展的前沿问题和重点领域发展趋势，有针对性地开展工程科技论坛、工程前沿研讨会、香山科学会议、科学普及等各类篮球比分。发挥学部和专门委员会的作用，搭建学术交流平台，支持各学部开展相应的篮球比分。支持资深院士联谊会工作。与中国科协、中国科学院合作举办西部论坛、院士巡讲等篮球比分。
拓展交流渠道，推动国际合作。认真组织落实与瑞典皇家工程院合作开展的《可再生能源与环境》项目。积极开展与美国国家工程院在城市化方面的合作。通过具体领域的专家交流与研讨会，深化与俄罗斯工程科技界的联系，并配合在中国的“俄罗斯年”活动。办好国际医学科学院组织（IAMP）第二届全球大会、国际畜牧发展大会、研发全球化论坛。策划再次举办国际工程科技大会，力争办成系列性的国际会议。利用中日韩工程院圆桌会议成立十周年的机会，在回顾过去合作的基础上商讨未来的合作重点，为更好地促进区域性合作发挥更积极的作用。争取每季度或半年印发世界主要工程院的咨询、学术和增选方面的《动态》,以便在我院工作中有所借鉴。
做好宣传、出版和奖励工作。做好工程科技界的宣传工作，在工程科技界贯彻“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的方针。进一步加强与国务院新闻办公室的联系，保持与各新闻媒体的畅通渠道。在《人民日报》、新华网等主要媒体上加强宣传工程科技在经济社会发展中的重要作用，宣传工程院所取得的成绩，宣传院士为国家科技进步做出的突出贡献和成就。提高《中国工程科学》杂志和《中国工程科学》英文版的质量，扩大发行量。出版《院士画册》和《中国科学技术前沿》，办好《院士通讯》等。进一步增加英文网站和Newsletter的学术内容，使对外宣传工作迈上一个新台阶。做好光华工程科技奖的评选工作。
加强党的建设和机关建设。坚持党组中心组学习制度和党内民主生活会制度。巩固深化保持共产党员先进性教育成果，加强机关党的思想建设、组织建设、作风建设、制度建设和业务能力建设。弘扬正气，树立服务意识和大局观念，发挥党员的先锋模范作用。加强对机关工、青、妇等群众组织的领导，提高机关党组织的凝聚力和战斗力。加强党的纪检监察工作，落实党风廉政建设责任制。认真贯彻落实国家干部人事政策，完善机关人事管理的各项制度。
做好后勤、财务和新综合楼的建设工作。推进后勤服务社会化进程。开发和完善机关办公自动化系统，提高办公效率。进行工程院预算改革，加强财务和资产管理，提高资金和资产的使用效率。进一步健全同工程院的职能、体制、目标和任务相适应的预算管理制度。按照院党组提出的“严把质量、抓好进度、控制预算、保证安全”的原则，大力抓好综合楼的建设和办公家具的购置。
认真完成党中央、国务院交办的其他任务。
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